绘制热图代码输出折线图

[Bio-info-ai]

你好，我用绘制热图的代码，折线图，两者一起的代码，均出现折线图：

library(ClusterGVis)
library(ComplexHeatmap) # 用于扩展热图功能

读取你的水稻表达矩阵，假设名为 'rice_exps.csv'

格式示例：第一列为基因ID，后续列为5个时期的表达量

rice_exps <- read.csv("RD15_Sy1_tpmave.csv", row.names = 1, header = TRUE, check.names = FALSE)

3. (可选但推荐) 数据标准化

对于转录组TPM/FPKM数据，通常进行Z-score标准化以使不同基因间表达量可比

rice_expr_zscore <- scale(rice_exps)

绘制不同聚类数量下的组内平方和变化图

getClusters(obj = rice_expr_zscore)

设置随机种子以保证结果可重复

set.seed(123)
clust_res <- clusterData(obj = rice_expr_zscore,
clusterMethod="mfuzz",
clusterNum=8) # 将6替换为你确定的k值

绘制热图

visCluster(object = clust_res, plot.type = "heatmap")

绘制表达趋势折线图

visCluster(object = clust_res, plot.type = "line")

尝试绘制组合图

visCluster(object = clust_res, plot.type = "both")

[junjunlab]

plot.type参数改为plotType

[WWY0219]

我用的plotType也没解决这个问题

[junjunlab]

你可以重新安装试试，或者使用测试数据试试，我这边是没问题的。

[WWY0219]

可以啦，感谢大佬！！！