cowfootR. New submission

[juanmarcosmoreno-arch]

Nombre de la Persona Encargada: Juan Moreno
Usuario GitHub de la Persona Encargada: @juanmarcosmoreno-arch
Repositorio: https://github.com/juanmarcosmoreno-arch/cowfootR/
Versión Enviada: 0.1.0
Tipo de Envio: Estándar
Persona encargada de la edición: A definir
Personas encargadas de la revisión: A definir

Archivo: A definir
Versión Aceptada: A definir
Idioma: es

• Pega el archivo DESCRIPTION completo dentro del siguiente bloque de código.

Package: cowfootR
Type: Package
Title: Tools to Estimate the Carbon Footprint of Dairy Farms
Version: 0.1.0
Authors@R: 
    person("Juan", "Moreno", email = "juanmarcosmoreno@gmail.com", role = c("aut", "cre"))
Description: Provides functions to calculate the carbon footprint of dairy farms based on based on methodologies of the International Dairy Federation and the Intergovernmental Panel on Climate Change methodologies. Includes tools for single-farm and batch analysis, report generation, and visualization.
License: MIT + file LICENSE
URL: https://github.com/juanmarcosmoreno-arch/cowfootR, https://juanmarcosmoreno-arch.github.io/cowfootR/
BugReports: https://github.com/juanmarcosmoreno-arch/cowfootR/issues
Encoding: UTF-8
Depends: 
    R (>= 4.1.0)
Imports: writexl
Suggests: 
    testthat,
    knitr,
    readxl,
    rmarkdown,
    plotly,
    gt,
    knitr,
    rmarkdown,
    knitr,
    rmarkdown,
    dplyr,
    ggplot2,
    tidyr
VignetteBuilder: knitr
Config/testthat/edition: 3
Roxygen: list(markdown = TRUE)
RoxygenNote: 7.3.3

Alcance

• Por favor, indica qué categoría(s) aplica(n) a este paquete. Las puedes encontrar en nuestras políticas de inclusión de paquetes. Por favor, tilda todas las apropiadas. Si tienes dudas, te sugerimos que comiences un pre-envío.

  • obtención de datos (data retrieval)
  • extracción de datos (data extraction)
  • manipulación de datos (data munging)
  • depósito de datos (data deposition)
  • validación y comprobación de datos (data validation and testing)
  • automatización de flujo de trabajo (workflow automation)
  • control de versiones (version control)
  • manejo de citas y bibliometría (citation management and bibliometrics)
  • capa de interfaz de software científico (scientific software wrappers)
  • herramientas de reproducibilidad de campo y laboratorio (field and lab reproducibility tools)
  • enlaces a software de bases de datos (database software bindings)
  • datos geoespaciales (geospatial data)
  • tradución (translation)

• Explica cómo y por qué el paquete encaja dentro de estas categorías (1 a 3 oraciones):
  cowfootR automatiza el flujo de trabajo para calcular huellas de carbono de tambos siguiendo IDF 2022 e IPCC 2019, con funciones modulares y un modo batch reproducible. Incluye chequeos básicos/validaciones de insumos y una viñeta que estandariza el procedimiento, favoreciendo la reproducibilidad en contextos de campo/laboratorio.

• ¿Cuál es la audiencia esperada y las aplicaciones científicas de este paquete?
  Investigadores y profesionales en sustentabilidad agropecuaria, LCA/ACV, ganadería lechera, y actores de extensión/industria. Aplicaciones: evaluación comparativa (benchmarking) de tambos, análisis de mitigación, reportes de inventarios GHG, y apoyo a políticas/etiquetado ambiental.

• ¿Hay otros paquetes de R que logren el mismo objetivo? Si los hay, ¿cómo se diferencian del tuyo, o alcanzan nuestro criterio del mejor de su categoría?
  No conocemos paquetes de R que implementen específicamente la norma IDF 2022 para el sector lechero (con FPCM e intensidades por ha) de forma integrada y reproducible. Existen herramientas LCA más generales o enfocadas a otros dominios, pero cowfootR se diferencia por su foco en tambo, el cumplimiento explícito de IDF/IPCC, y la automatización batch con métricas de intensidades (FPCM/ha) listas para informe.

• (Si aplica) ¿Tu paquete cumple con nuestras guías de Ética, Privacidad de Datos e Investigación con Sujetos Humanos?
  No aplica tratamiento de datos personales ni sensibles; el paquete opera con datos agregados de producción/insumos a nivel establecimiento. Cumple las guías de Ética y Privacidad indicadas (no recopila datos, no transmite a terceros).

• Si ya has hecho una consulta de pre-envío, por favor pega el enlace al issue correspondiente, una publicación del foro, u otra discusión. Alternativamente, etiqueta a la persona del equipo editorial (con @tag) con la que te contactaste.
  Aún no se realizó pre-envío

• (Si aplica) Explica las razones por las cuales el paquete no satisface alguno de los chequeos de pkgcheck.

Revisiones Técnicas

Tilda los siguientes items para confirmar que los has completado:

• [X ] He leído la guía de empaquetado de rOpenSci.
• He leído la guía de autoría y pienso mantener este paquete durante al menos 2 años o encontrar un reemplazo.

Este paquete:

• No viola los Términos de Servicio de ningún servicio con los que interactúa.
• Tiene una licencia aceptada por CRAN y OSI.
• Contiene un archivo README con instrucciones para instalar la versión de desarrollo.
• Incluye documentación con ejemplos para todas las funciones, creada con roxygen2.
• Contiene una viñeta (vignette) con ejemplos de sus funciones esenciales y su uso.
• Tiene una suite de tests.
• Tiene integración contínua, incluyendo reporte de cobertura de tests.

Opciones de Publicación

• ¿Tienes intenciones de publicar este paquete en CRAN?

• ¿Tienes intenciones de publicar este paquete en Bioconductor?

• ¿Deseas enviar un Artículo de Aplicaciones sobre tu paquete a Methods in Ecology and Evolution (documento en Inglés)? Si es así:

Opciones para MEE

• Este paquete es novedoso y será de interés para la mayoría de las persona que leen la revista.
• El manuscrito que describe el paquete no tiene más de 3000 palabras y está escrito en Inglés.
• Tienes intenciones de archivar el código del paquete en un repositorio a largo plazo, que cumple los requerimientos de la revista (mira las Políticas de Publicación de MEE (documento en Inglés))
• (Alcance: Considera los Objetivos y Alcance de MEE (documento en Inglés) para tu manuscrito. No otorgamos garatías de que tu manuscrito esté en el ámbito de MEE.)
• (Aunque no es requerido, recomendamos tener un manuscrito completamente preparado y en Inglés, al momento de enviar el paquete.)
• (Por favor, no envíes tu paquete de forma separada a Methods in Ecology and Evolution)

Código de Conducta

• Estoy de acuerdo en cumplir el Código de Conducta de rOpenSci durante el proceso de revisión, y en mantener mi paquete si éste es aceptado.

[ropensci-review-bot]

Thanks for submitting to rOpenSci, our editors and @ropensci-review-bot will reply soon. Type @ropensci-review-bot help for help.

[ropensci-review-bot]

Error (500). The editorcheck service is currently unavailable

[maurolepore]

@ropensci-review-bot check package

[ropensci-review-bot]

Thanks, about to send the query.

[ropensci-review-bot]

Error (500). The editorcheck service is currently unavailable

[maurolepore]

@juanmarcosmoreno-arch muchísimas gracias por compartir tu trabajo con rOpenSci.

Antes de enfocarnos en tu paquete tenemos que arreglar un detalle tecnico.

Podrías por favor editar el campo Repositorio: del primer comentario?

• Correcto (apunta el repositorio)

Nombre de la Persona Encargada: Juan Moreno
Usuario GitHub de la Persona Encargada: juanmarcosmoreno-arch
Repositorio: https://github.com/juanmarcosmoreno-arch/cowfootR/

• Incorrecto (apunta el website)

Nombre de la Persona Encargada: Juan Moreno
Usuario GitHub de la Persona Encargada: juanmarcosmoreno-arch
Repositorio: https://juanmarcosmoreno-arch.github.io/cowfootR/

Pardon por los mensajes confusos, y gracias por ayudarnos a descubrir que nuestro bot necesita emitir un mensaje de error mas claro en este caso. @mpadge esta trabajando en eso.

EN

...

Sorry for the confusing messages, and thanks for helping us to discover that our bot needs to emit more informative error messages. @mpadge is working on it.

[juanmarcosmoreno-arch]

@maurolepore Muchas gracias por su rapida respuesta y la oportunidad de que mi paquete sea revisado. Ya hice los cambios que me pidieron. Saludos

[maurolepore]

@ropensci-review-bot check package

[ropensci-review-bot]

Thanks, about to send the query.

[ropensci-review-bot]

🚀

The following problem was found in your submission template:

• 'author1' variable must be GitHub handle only ('@myhandle')
  Editors: Please ensure these problems with the submission template are rectified. Package checks have been started regardless.

👋

[maurolepore]

@juanmarcosmoreno-arch,

Gracias!

Parece que hay algunos detalles mas por corregir. Afortunadamente esta vez el bot dio un mensaje mas claro. Parece que falta tu handle: @juanmarcosmoreno-arch

Quizas te sirva ver el formato en otro issue, por ejemplo:

• agroclimatico: Índices y Estadísticos Climáticos e Hidrológicos #599

Cualquier duda preguntame :-)

[ropensci-review-bot]

Checks for cowfootR (v0.1.1)

git hash: b4d831ff

• ✔️ Package name is available
• ✔️ has a 'codemeta.json' file.
• ✔️ has a 'contributing' file.
• ✔️ uses 'roxygen2'.
• ✔️ 'DESCRIPTION' has a URL field.
• ✔️ 'DESCRIPTION' has a BugReports field.
• ✔️ Package has at least one HTML vignette
• ✔️ All functions have examples.
• ✔️ Package has continuous integration checks.
• ✔️ Package coverage is 76.2%.
• ✔️ R CMD check found no errors.
• ✔️ R CMD check found no warnings.
• 👀 Some goodpractice linters failed.
• 👀 Function names are duplicated in other packages

(Checks marked with 👀 may be optionally addressed.)

Package License: MIT + file LICENSE

---

1. Package Dependencies

Details of Package Dependency Usage (click to open)

The table below tallies all function calls to all packages ('ncalls'), both internal (r-base + recommended, along with the package itself), and external (imported and suggested packages). 'NA' values indicate packages to which no identified calls to R functions could be found. Note that these results are generated by an automated code-tagging system which may not be entirely accurate.

type	package	ncalls
internal	base	2039
internal	cowfootR	116
internal	stats	14
internal	utils	6
internal	methods	1
imports	writexl	1
suggests	testthat	NA
suggests	knitr	NA
suggests	readxl	NA
suggests	rmarkdown	NA
suggests	plotly	NA
suggests	gt	NA
suggests	dplyr	NA
suggests	ggplot2	NA
suggests	tidyr	NA
suggests	withr	NA
linking_to	NA	NA

Click below for tallies of functions used in each package. Locations of each call within this package may be generated locally by running 's <- pkgstats::pkgstats(<path/to/repo>)', and examining the 'external_calls' table.

base

list (545), c (422), mean (342), range (339), round (77), row (73), if (48), sum (12), Sys.Date (12), date (10), is.na (10), return (10), for (9), names (9), as.numeric (8), is.null (8), lapply (7), paste0 (7), vapply (6), as.character (5), data.frame (5), system (5), unlist (5), as.list (4), is.finite (4), length (4), numeric (4), seq_along (4), suppressWarnings (4), tryCatch (4), ifelse (3), isTRUE (3), drop (2), formals (2), max (2), min (2), nrow (2), seq_len (2), as.logical (1), attr (1), character (1), do.call (1), file (1), format (1), intersect (1), is.list (1), is.numeric (1), logical (1), match.call (1), nzchar (1), paste (1), q (1), rownames (1), summary (1), tapply (1), try (1), vector (1)

cowfootR

getv (70), safe_call (24), sample_factor (4), calc_ch4_tier2 (2), calc_n2o_emissions (2), benchmark_area_intensity (1), calc_batch (1), calc_emissions_energy (1), calc_emissions_enteric (1), calc_emissions_inputs (1), calc_emissions_manure (1), calc_emissions_soil (1), calc_intensity_area (1), calc_intensity_litre (1), calc_total_emissions (1), calculate_input_uncertainties (1), compute_fpcm_idf (1), get_regional_emission_factors (1), is_excluded (1)

stats

quantile (6), sd (3), median (2), runif (2), df (1)

utils

data (4), capture.output (1), str (1)

methods

Summary (1)

writexl

write_xlsx (1)

---

2. Statistical Properties

This package features some noteworthy statistical properties which may need to be clarified by a handling editor prior to progressing.

Details of statistical properties (click to open)

The package has:

• code in R (100% in 12 files) and
• 1 authors
• 5 vignettes
• no internal data file
• 1 imported package
• 17 exported functions (median 59 lines of code)
• 52 non-exported functions in R (median 17 lines of code)

---

Statistical properties of package structure as distributional percentiles in relation to all current CRAN packages
The following terminology is used:

• loc = "Lines of Code"
• fn = "function"
• exp/not_exp = exported / not exported

All parameters are explained as tooltips in the locally-rendered HTML version of this report generated by the checks_to_markdown() function

The final measure (fn_call_network_size) is the total number of calls between functions (in R), or more abstract relationships between code objects in other languages. Values are flagged as "noteworthy" when they lie in the upper or lower 5th percentile.

measure	value	percentile	noteworthy
files_R	12	63.1
files_vignettes	5	95.4
files_tests	18	93.7
loc_R	1975	81.4
loc_vignettes	1717	96.0	TRUE
loc_tests	733	77.3
num_vignettes	5	96.2	TRUE
n_fns_r	69	64.8
n_fns_r_exported	17	62.2
n_fns_r_not_exported	52	66.8
n_fns_per_file_r	4	58.6
num_params_per_fn	3	29.2
loc_per_fn_r	27	72.6
loc_per_fn_r_exp	59	83.4
loc_per_fn_r_not_exp	17	55.3
rel_whitespace_R	14	75.7
rel_whitespace_vignettes	28	96.1	TRUE
rel_whitespace_tests	24	80.0
doclines_per_fn_exp	37	45.7
doclines_per_fn_not_exp	0	0.0	TRUE
fn_call_network_size	256	90.0

---

2a. Network visualisation

Click to see the interactive network visualisation of calls between objects in package

---

3. goodpractice and other checks

Details of goodpractice checks (click to open)

3a. Continuous Integration Badges

GitHub Workflow Results

id	name	conclusion	sha	run_number	date
17650886565	pages build and deployment	success	337134	18	2025-09-11
17650816042	pkgdown	success	b4d831	16	2025-09-11
17626358925	pkgdown.yaml	success	636f14	15	2025-09-10
17626358906	R-CMD-check	success	636f14	19	2025-09-10
17650816026	R-CMD-check.yaml	success	b4d831	20	2025-09-11
17650816038	test-coverage.yaml	failure	b4d831	1	2025-09-11

---

3b. goodpractice results

R CMD check with rcmdcheck

R CMD check generated the following check_fail:

1. cyclocomp

Test coverage with covr

Package coverage: 76.22

Cyclocomplexity with cyclocomp

The following functions have cyclocomplexity >= 15:

function	cyclocomplexity
calc_batch	122
calc_emissions_enteric	65
calc_total_emissions	54
calc_emissions_manure	44
calc_intensity_area	39
calc_intensity_litre	33
calc_emissions_soil	30
calc_emissions_energy	28
calc_emissions_inputs	26

Static code analyses with lintr

lintr found no issues with this package!

---

4. Other Checks

Details of other checks (click to open)

✖️ The following function name is duplicated in other packages:

• • download_template from umiAnalyzer

---

Package Versions

package	version
pkgstats	0.2.0.64
pkgcheck	0.1.2.228

---

Editor-in-Chief Instructions:

This package is in top shape and may be passed on to a handling editor

[juanmarcosmoreno-arch]

Gracias! corregido el handle.

saludos.